中国の科学者、ゲノムの分析速度を5倍に上げる

中国農業科学院深セン農業ゲノム研究所研究員の阮珏氏が率いるチームはこのほど学術誌「ネイチャー・メソッズ」に、第3世代シーケンスデータアセンブリアルゴリズム「Wtdbg」を発表した。第3世代シーケンスデータの分析効率を極めて大きく高めた。今年4月に「ネイチャー・バイオテクノロジー」に掲載されたアルゴリズム「Flye」と比べ分析のペースが5倍に向上するとともに、初めてシーケンスデータ分析時間を生成時間より短くした。経済日報が伝えた。

DNAシーケンス技術は1970年代中頃から後半にかけて成熟した。ヒトゲノム計画が1990年に打ち出されると、ゲノムシーケンス技術は徐々に実験室から商用化の段階に向かった。2004年にヒトゲノム計画が完了する頃になると、第2世代ゲノムシーケンス技術が相対的に成熟し、大規模な商用化が始まった。2013年に単分子などの第3世代シーケンス技術が登場し、シーケンス技術がより広範になり、コストがさらに下がる見通しがついた。

論文の筆者である阮氏は、「今や1人の全ゲノムシーケンスは、一般的な家庭でも費用を負担できる普通のことになった。第3世代を例にすると、そのためにかかる時間は1日で、費用は5万元（1元は約15.6円）を切る」と述べた。

阮氏は2013年に、米ハーバード大学医学部の李恒博士と協力し、シーケンスデータのより高い分析速度と分析品質を推進しようと、シーケンスデータ分析方法（アセンブリアルゴリズムなど）の開発を開始した。彼らは2016年に研究を終え、研究成果の「Wtdbg」をすべての人に無償開放した。この成果は3年にわたり数十本の学術論文に引用され、さらに国内の多くのゲノムシーケンス分析企業によって主なアセンブリ分析ツールとして利用され、今年の世界大学生スパコンコンテストでは、性能テストの設問になった。

阮氏は「私たちは多くのフィードバックを受けている。これはアルゴリズムソフトの不備の改善に役立つだけでなく、多くのアイデアと発想をももたらしてくれた。アルゴリズムは実践の中で絶えず改善する必要がある。より多くの実際の応用により、このアルゴリズムを効果的に調整・改善できる。現在のアルゴリズムは2016年のものと比べすでに2.0バージョンになっており、より上のバージョンの研究も年初に始まった」と述べた。（編集YF）

「人民網日本語版」2019年12月25日